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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
20/11/2017 |
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Data da última atualização: |
20/11/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
Bárbara S. F. Müller, UnB; Leandro G. Neves, RAPiD Genomics LLC; Janeo E. de Almeida Filho, University of Florida; Márcio F. R. Resende Junior, RAPiD Genomics LLC; Patricio R. Muñoz, University of Florida; PAULO EDUARDO TELLES DOS SANTOS, CNPF; ESTEFANO PALUDZYSZYN FILHO, CNPF; Matias Kirst, University of Florida; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen. |
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Título: |
Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 18, article 524, 2017. 17 p. |
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DOI: |
10.1186/s12864-017-3920-2 |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Conteúdo: |
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic prediction models using ~5000?10,000 SNPs provided predictive abilities equivalent to using all 13,787 and 19,506 SNPs genotyped in the E. benthamii and E. pellita populations, respectively. No difference was detected in predictive ability when different sets of SNPs were utilized, based on position (equidistantly genome-wide, inside genes, linkage disequilibrium pruned or on single chromosomes), as long as the total number of SNPs used was above ~5000. Predictive abilities obtained by removing relatedness between training and validation sets fell near zero for E. benthamii and were halved for E. pellita. These results corroborate the current view that relatedness is the main driver of genomic prediction, although some short-range historical linkage disequilibrium (LD) was likely captured for E. pellita. A GWAS identified only one significant association for volume growth in E. pellita, illustrating the fact that while genome-wide regression is able to account for large proportions of the heritability, very little or none of it is captured into significant associations using GWAS in breeding populations of the size evaluated in this study. Conclusions: This study provides further experimental data supporting positive prospects of using genome-wide data to capture large proportions of trait heritability and predict growth traits in trees with accuracies equal or better than those attainable by phenotypic selection. Additionally, our results document the superiority of the whole-genome regression approach in accounting for large proportions of the heritability of complex traits such as growth in contrast to the limited value of the local GWAS approach toward breeding applications in forest trees. MenosBackground: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic prediction models using ~5000?10,000 SNPs provided predictive abilities equivalent to using all 13,787 and 19,506 SNPs genotyped in the E. benthamii and E. pellita populations, respectively. No difference was detected in predictive ability when different sets of SNPs were utilized, based on position (equidistantly genome-wide, inside genes, linkage disequilibrium pruned or on single chromosomes), as long as the total number of SNPs used was above ~5000. Predictive abilities obtained by removing relatedness between training and validation sets fell near zero for E. benthamii and were halved for E. pellita. These results corroborate the current view that relatedness is the main driver of genomic prediction, although some short-range h... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Espécie exótica; Genomic selection; GWAS; Seleção genômica; SNP genotyping. |
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Thesagro: |
Eucalipto; Melhoramento genético vegetal. |
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Thesaurus Nal: |
Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; genetic relationships; marker-assisted selection; plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/166929/1/2017-PauloE-BMCG-Genomic-prediction.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/181027/1/s12864-017-3920-2.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 42 | |
| 2. |  | NUNES, M. U. C.; SOUZA, I. M. de; TAVARES, F. de A.; SANTOS, J. R. dos; SANTOS, M. C. dos. Produtividade de milho verde orgânico sob efeito de diferentes fontes e doses de adubação. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007. O artigo é sobre Milho CV Sertanejo.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 3. | | NUNES, M. U. C.; SOUZA, I. M. de; TAVARES, F. de A.; SANTOS, J. R. dos; SANTOS, M. C. dos. Produtividade de milho verde orgânico sob efeito de diferentes fontes e doses de adubos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 4. | | SANTOS, J. R. dos; SOUZA, I. M. de; TAVARES, F. de A.; SANTOS, M. C. dos; NUNES, M. U. C. Comportamento de cultivares de amendoin com diferentes fontes de adubos orgânicos no município de Umbaúba/SE. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 17., ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 3., 2007, São Cristóvão. Anais... São Cristovão: Universidade Federal de Sergipe, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 5. | | NUNES, M. U. C.; TAVARES, F. de A.; SANTOS, J. R. dos; SOUZA, I. M. de; SANTOS, M. C. dos. Comportamento de cultivares de cenoura em cultivo orgânico na época de inverno no litoral sul de Sergipe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCIEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007. p. 47.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 6. | | SOUZA, I. M. de; NUNES, M. U. C.; SANTOS, J. R. dos; TAVARES, F. de A.; SANTOS, M. C. dos. Comportamento de cultivares de cenoura em cultivo orgânico na época de verão no litoral sul de Sergipe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCIEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007. p. 52.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 7. | | SOUZA, I. M. de; NUNES, M. U. C.; SANTOS, J. R. dos; TAVARES, F. de A.; SANTOS, M. C. dos. Comportamento de cultivares de cenoura em cultivo orgânico na época de verão no litoral sul de Sergipe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 8. | | NUNES, M. U. C.; TAVARES, F. de A.; SANTOS, J. R. dos; SOUZA, I. M. de; SANTOS, M. C. dos. Comportamento de cultivares de cenoura em cultivo orgânicona época de inverno no litoral sul de Sergipe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 9. | | NUNES, M. U. C.; SANTOS, J. R. dos; SOUZA, I. M. de; TAVARES, F. de A.; SANTOS, M. C. dos. Comportamento de cultivares de feijão-vagem de crescimento determinado em cultivo orgânico no período de inverno em Sergipe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCIEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007. p. 58.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 10. | | NUNES, M. U. C.; SANTOS, J. R. dos; SOUZA, I. M. de; TAVARES, F. de A.; SANTOS, M. C. dos. Comportamento de cultivares de feijão-vagem de crescimento determinado em cultivo orgânico no período de inverno em Sergipe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 12. | | SOUZA, I. M. de; MELO, M. D.; PRIMO, A. A.; LIMA, A. R.; TONUCCI, R. G.; SOUZA, H. A. de. Atributos químicos do solo em função de manejos praticados por agricultores familiares no Semiárido. In: SEMINÁRIO PIAUIENSE DE AGROECOLOGIA, 3.; SIMPÓSIO DE SABERES AGROECOLÓGICOS DO NORTE DO PIAUÍ, 2., 2017, Cocal. [Anais...]. Cocal: IFPI, 2017. p. 69-72.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 14. | | SANTOS, J. R. dos; NUNES, M. U. C.; SANTOS, M. C. dos; SOUZA, I. M. de; TAVARES, F. de A. Desempenho de cultivares de feijão-vagem de crescimento indeterminado, em cultivo orgânico, na época de verão no litoral de Sergipe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCIEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007. p. 67.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 15. | | SANTOS, J. R. dos; NUNES, M. U. C.; SANTOS, M. C. dos; SOUZA, I. M. de; TAVARES, F. de A. Desempenho de cultivares de feijão-vagem de crescimento indeterminado, em cultivo orgânico, na época de verão no litoral sul de Sergipe. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 47.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE CUCURBITÁCEAS, 4., 2007, Porto Seguro. Resgatando e valorizando as hortaliças subutilizadas. Porto Seguro: Associação Brasileira de Horticultura, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 16. | | TAVARES, F. de A.; SANTOS, J. R. dos; SOUZA, I. M. de; SANTOS, M. C. dos; NUNES, M. U. C. Influência de substratos orgânicos em diferentes volumes no desenvolvimento de mudas de tomateiro. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 17., ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 3., 2007, São Cristóvão. Anais... São Cristovão: Universidade Federal de Sergipe, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 18. | | SANTOS, M. C. dos; TAVARES, F. de A.; SOUZA, I. M. de; SANTOS, J. R. dos; NUNES, M. U. C. Efeito de diferentes doses de NPK em substrato orgânico no desenvolvimento de mudas de tomateiros. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 17., ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 3., 2007, São Cristóvão. Anais... São Cristovão: Universidade Federal de Sergipe, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 20. | | PRIMO, A. A.; MELO, M. D.; PEREIRA, G. de A. C.; VIEIRA, L. V.; SOUZA, I. M. de; SOUZA, H. A. de. Acúmulo de nutrientes em mudas de gliricidia adubadas com composto orgânico oriundo de resíduos da produção de pequenos ruminantes. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 35., 2015, Natal. O solo e suas múltiplas funções: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2015. 4 f.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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